Bu tetkik özofagus (yemek borusu),  ince bağırsaklar ve kalın bağırsakları ayrı ayrı  incelemek üzere tasarlanmış bir sistemdir. Kendi pratiğimizde ince bağırsak ve kolon için olan kapsül endoskopi sistemlerini kullanmaktayız. Büyükçe bir vitamin hapı büyüklüğünde olan kapsül yutulduktan sonra yaklaşık olarak saniyede  2 kez çektiği fotoğrafları, karına yerleştirilmiş olan elektrotlar aracılığıyla bele takılmış bir veri kaydediciye aktarır. Tetkik süresi ince bağırsak kapsülü için 8 saat, kolon kapsülü için 10 saat kadardır. Süre bitiminde veri kaydedici yerinden çıkarılır ve yaklaşık olarak çekilmiş 30.000 üstünde fotoğraf bilgisayarda işlenerek video görüntüsüne dönüştürülür. Kapsül tek kullanımlıktır ve doğal bir şekilde dışkılamayla atılır. İnce  bağırsak hastalıklarının tanısında kullanılan en modern yöntemlerden biri olan ince bağırsak kapsül endoskopi sistemi, bilhassa yeri bulunamayan sindirim sistemi kanamalarının yerini saptamada önemli bilgiler sağlayabilmektedir. Kalın bağırsak kapsül endoskopi sistemi ise  tamamlanamayan kolonoskopilerde görülemiyen kısımların görülmesinde tamamlayıcı tetkik olarak, kolonoskopi veya sedasyon (uyutma) için riski bulunanlarda yapılabilecek bir yöntemdir. Bağırsak tıkanıklığı veya şüphesi olanlarda, kalp pili veya benzer elektronik cihaz yerleştirilmiş hastalarda ve yutma güçlüğü olanlarda yapılamaz. Divertikülleri olan hastalarda divertikül içinde sıkışıp kalması beklenmez.